Alınan bilgilere göre, Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılar, Yalçınkaya gibi teknik takibe takılan hakimlerle ilgili dosya hazırladı. Temmuz ayı içinde Ergenekon iddianamesini açıklayan savcılar, meslekleriyle alakalı olduğu gerekçesiyle hakimlerin dosyasını da gerekli işlemlerin yapılması için Adalet Bakanlığı'na gönderdi. Dosya, Ceza İşleri Genel Müdürlüğü'ne gitti. Ancak aradan geçen 4 ay içinde söz konusu yargı mensuplarına yönelik nasıl bir işlem yapıldığı bilinmiyor. Hakim Yalçınkaya ile ilgili olarak da iki ayrı incelemenin başlatıldığı öğrenildi. Bunlardan birini Ergenekon kapsamındaki inceleme oluştururken, diğerini Yalçınkaya'nın baktığı bir dava gündeme getirdi. Vatandaşların şikâyeti üzerine 'Tanrı Yanılgısı' isimli kitap hakkında açılan dava beraatle sonuçlanmış, kararın altında hakim Yalçınkaya'nın imzası yer almıştı. Hakimle ilgili olarak İstanbul Adalet Komisyonu Başkanlığı'na şikâyet başvurusunda bulunulduğu ve incelemenin halen sürdüğü belirtildi. Edinilen bilgilere göre 'Tanrı Yanılgısı' kitabıyla ilgili dava Ali Emre Bukağılı'nın şikâyeti üzerine açılıyor. Bukağılı, 'halkı kin ve düşmanlığa alenen tahrik' suçunun işlendiğini iddia ediyor. Davaya bakan hâkim ise Hakkı Yalçınkaya. Bukağılı'nın iddialarına göre, 2008 yılı Mayıs ayında Yalçınkaya görevini kötüye kullanıyor, ayrıca Hakimler ve Savcılar Kanunu'nun 62. maddesini ihlal ediyor. Bukağılı, Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu, Adalet Bakanlığı ve Adalet Bakanlığı Ceza İşleri Genel Müdürlüğü'ne gönderdiği dilekçesinde, hâkim Yalçınkaya'nın davadan önce kendisine "Niçin böyle bir başvuru yaptın, işiniz gücünüz yok mu? Sen Allah'ın avukatı mısın? Bu dilekçeyi sevap yaptığını düşünerek mi verdin? Böyle yasakçı bir zihniyetle hiçbir yere varılmaz. Sen de kitap yaz, cevabını ver. İki sayfalık dilekçe yazıyorsunuz. Bizi oyalıyorsunuz." şeklinde bazı sözler sarf ettiğini ileri sürüyor. Şikâyet dilekçesinde taleplerinin reddedildiği, buna itirazda bulunmaları için 7 gün yasal süre olduğu halde bu süre beklenmeden davanın beraatle sonuçlandırıldığı belirtildi. Hâkim Yalçınkaya hakkında, disiplin cezası verilmesi talep edildi. Yalçınkaya hakkındaki inceleme halen sürüyor. Hakkı Yalçınkaya'nın ismi son dönemde Ergenekon terör örgütü sanıklarıyla olan bağlantılarıyla gündeme geliyor. 'Ergenekon'un Çöküşü' kitabının yazarı Zihni Çakır'ı 1 yıl 6 ay hapis cezasına çarptıran Yalçınkaya, davanın gerekçeli kararında ise örgütü aklayan cümleler kullanmıştı. Yalçınkaya, son olarak Ergenekon sanıklarından avukat Kemal Kerinçsiz'le yaptığı telefon görüşmesiyle gündeme geldi. İkili arasında geçen görüşmede Yalçınkaya, Kerinçsiz'le yaptığı samimi konuşmanın sonunda, 'Bir emriniz var mı?' diyordu. Zaman