Ergenekon savcısı Zekeriya Öz'ün talimatıyla harekete geçen Ankara Terörle Mücedele ekipleri, Cumartesi akşam 21.00 sularında Çakır'ın misafir olduğu eve baskın düzenledi. Göz altı sebebinin son kitabı "Kod Adı: Darbe" olduğu öğrenildi. Kitapta MİT ve Genelkurmay'a ait gizli belgeler yer alıyordu. Polis tarafından ifadesi alınan Çakır'a belgelerle ilgili sorular soruldu. Çakır daha önce de Öz tarafından İstanbul'a çağrılmış ve bilgisine başvurulmuştu. Gözaltına alınmadan kısa bir süre önce Zaman'a konuşan Çakır, savcının talimatından haberdar olduğunu belirterek, "Her an beni alabilirler." demişti. Yazar, son günlerde sürekli takip edildiğini de sözlerine eklemişti. Son olarak Sabancı suikastıyla ilgili yayınladığı belge yüzünden terör örgütü DHKP-C'nin hedefine oturan Çakır, Zaman'a yaptığı açıklamada can güvenliğinden endişe ettiğini söylemişti. Zihni Çakır, son dönemlerin en dikkat çeken yazarlarındandı. Daha Ergenekon operasyonu yapılmadan yazdığı kitabına "Ergenekon'un Çöküşü" adını vermişti. Bu kitapta, vatanseverlerle ilgili önemli bilgiler vermiş, ilişkiler ağını deşifre etmişti. Ardından çeteye yönelik operasyonlar başlamış ve Çakır ikinci kitabına "Ergenekon'un Çöküşü 2" adını vermişti. Bu kitapta da çetenin sol ayağına yönelik bilgiler vardı. Kitapta, Eski Genelkurmay Başkanı Hüseyin Kıvrıkoğlu'na yönelik suikast girişiminden bahsetmiş ve arkasında Ergenekon'un sol ayağının olduğunu ileri sürmüştü. Son çıkardığı kitap "Kod Adı: Darbe"de de çarpıcı iddialar vardı. Bir çok gizli belgenin yer aldığı kitapta, Sabancı suikastıyla ilgili MİT'e ait olduğu öne sürülen bir rapor da vardı. Buna göre, suikastı Susurlukçu Abdullah Çatlı'nın organize ettiği, DHKP-C'nin ise sadece tetikçi olarak kullanıldığı iddia ediliyordu. MİT, bu belgeyi yalanlamış ama Çakır, iddialarının arkasında durmuştu.