12 Eylül darbesinden sonra kurulan HSYK'nın yakın tarihte dikkat çeken ilk müdahalesi Susurluk davasında yaşandı. Susurluk davasına bakan İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Sedat Karagül'ün görevini değiştirdi. Karagül, 2001 yılında Sultanahmet'teki İstanbul Adliyesi'ne düz hakim olarak atandı. Hakim Metin Çetinbaş mahkeme başkanı olarak atandı. Davayı 2-3 ay gibi kısa bir sürede sonuçlandıran Çetinbaş, emekli olduktan sonra Ergenekon davasında bazı sanıkların avukatlığını üstlendi. Susurluk davası hükümlüsü Özel Harekâtçı polis Ayhan Çarkın, Ekim 2008'de verdiği bir röportajda ilginç bir itirafta bulunmuştu: "Bizi dava sürecinde 3,5 sene yargılayan bir heyet vardı. Hakim Sedat Karagül. O adamda ben adaleti gördüm. Sonra bu heyet görevden alındı. Son 15 gün Mesut Yılmaz hükümetinin atadığı bir başka heyet geldi. 4 yıl ceza aldık. Oysa neyle yargılanıyorduk." HSYK, Şemdinli soruşturmasında iddianamenin açıklanmasının ardından Savcı Ferhat Sarıkaya hakkında inceleme başlattı. Savcı görevinden ihraç edildi. Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi, sanık iki astsubaya 39 yıl 5 ay ceza verdi. Kararı bozan Yargıtay, dosyanın askerî mahkemeye gönderilmesini istedi. Mahkeme karara uymadı. HSYK yeniden devreye girdi ve mahkeme üyelerini dağıttı. Yeni gelen heyet, dava dosyasını askerî mahkemeye gönderdi. Sanıklar askerî mahkemedeki ilk duruşmada salıverildi. HSYK, verdiği kararla banka davalarına da damgasını vurdu. Davalara bakan İstanbul 8. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Mustafa Akın, 2007'de görevinden alındı. Akın döneminde 3 yıl içinde birçok davayı karara bağlayan mahkeme, bu atamanın ardından karar vermez oldu. Mustafa Süzer'in baş sanık olarak yargılandığı Kentbank davası hâlâ devam ediyor. ZAMAN