İkinci iddianamenin sanıklarından Emekli Orgeneral Hurşit Tolon ilk kez savunma yaptı. Hurşit Tolon hakkında, "cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini ortadan kaldırmaya teşebbüs", "terör örgütü kurucusu ve yöneticisi olmak" gibi ağır suçlamalar var. Tolon, ilk kez savunma kürsüsüne çıktığı gün, hakkındaki iddiaları reddeti. Suçsuz olduğunu öne sürdü. İddianamede Tolon ile ilgili en dikkat çeken bölümlerden biri, bazı rektörlere, darbeye zemin hazırlamayla ilgili direktif verdiği yönündeki suçlamaydı. Tolon bu iddiaları da kabul etmedi. Ergenekon Sanığı Emekli Orgeneral Hurşit Tolon gündemden hiç düşmedi. Özellikle de tutuksuz yargılanmasına giden süreçte yaşanan gelişmelerle hatırlanıyor. Tolon, sağlık sorunları gerekçesiyle tahliye edilmişti. Ancak daha sonra, sağlığının son derece yerinde olduğunu gösterdiği öne sürülen görüntüler ortaya çıkmıştı.