İddiaya göre 2010 Yüksek Askeri Şura toplantısından hemen sonra Balyoz'un bazı belgeleri imha edilmişti. İşte karartılan o evraklar... 163 Balyoz sanığının tutuklanma gerekçesi "kaçma ve delil yoketme şüphesi"ydi. Balyoz davasına en başından beri karşı duranlar tutuklama kararını da eleştirdiler. Onlara göre gerekçeler geçersizdi. Savcılığın neden tutuklama talep ettiği ise Bugün Gazetesi'nin ulaştığı belgelerle ortaya çıktı. Gazete öyle belgeler yayınladı ki, iddiaya göre sanıklar bulundukları konumları da kullanıp "Balyoz delillerini" tek tek yok ettiriyordu. Ve 2002 - 2003 yılına ait çok sayıda Balyoz dokümanı bizzat sanıkların talimatıyla imha edildi. Skandal olayı belgelerin kopyası deşifre etti. İddiaya göre bazı Balyoz belgeleri Tuğgeneral Kasım Erdem'in başında olduğu Keşan Mekanize Piyade Tugay Komutanlığı'nda toplanıp yok edildi. Hem de hiçbir tutanak tutulmadan... Emri belgelerin toplandığı Gelibolu 2. Kolordu Komutanı Korgeneral Raif Akbaş'ın verdiği ileri sürülüyor. İddiaya göre sözlü emri alan İstihbaratçı Albay Ömer Uçar, Ekim 2010 başında 2. Kolorduya ait bütün tugayları dolaştı. 2002 yılına ait birçok evrakı hiçbir tutanak tutmadan elden topladı. Suç unsuru teşkil edecek ne varsa ortadan kaldırıldı. İmha edildiği öne sürülen Balyoz belgelerinde şu anda tutuklu bulunan Balyoz sanıklarının ismi geçiyor. İşte o belgelerden biri. Emekli Korgeneral Engin Alan imzalı belge, irtica paranoyası üzerine bina edilmeye çalışılan Balyoz Darbesi'nin altını doldurma maksatlı çalışma yapılmasını emrediyor. Belgeler, Balyoz sanığı Generallerin yetki ve görevi olmadığı halde, illegal olarak istihbarat toplattıklarını ortaya koyuyor. Evraklarda Subay ve eşlerinin yasadışı fişlemelerle takip edildiği, Hükümet icraatlarının mercek altına alınıp rapor edildiği ve bu yönde sistemli bilgi ve raporlama yapıldığını gösteriyor. Balyoz belgelerini imha çalışmasının zamanlaması da hayli dikkat çekici. İddiaya göre, belgeler 2010 YAŞ toplantısının hemen ardından yok edildi. O tarihten hemen önce 102 Balyoz sanığı hakkında yakalama kararı çıkarılmış ancak operasyon sırasında savcıların görevden alınmasıyla karar uygulanamamıştı. Bugün Gazetesinin yayınladığı belgeler, Balyoz tutuklamalarıyla ilgili tartışmalara son noktayı koyacak gibi görünüyor.