Varlığı kimi devlet yetkililerince kabul edilmeyen ancak 1987 yılında PKK'nın ilk eylemlerini yapmaya başlamasından sonra kurulan örgüt, yüzlerce faili meçhul olayıyla ilgili iddiaları da arkasında bıraktı. Gazeteci Ecevit Kılıç'ın Timaş Yayınları'ndan çıkan 'JİTEM-Türkiye'nin Faili Meçhul Tarihi' isimli kitabında yer alan bilgilere göre, Güneydoğu'da 90'lı yıllarda yoğun olarak işlenen faili meçhul cinayetler 3 hatta gerçekleştiriliyordu. 'JİTEM'in ölüm hatları' arasında ilk hatta Diyarbakır, Bitlis, Bingöl, Elazığ, Tunceli ve Malatya, ikinci hatta Şırnak, Cizre, Uludere ve Silopi; üçüncü hatta ise Nusaybin, Mardin, Midyat ve Kızıltepe bulunuyor. Söz konusu hat JİTEM'in tim ve birimlerinin faaliyet yürüttüğü merkezler olarak kullanılıyor. Bu çerçevede birinci hattın merkez üssünü Tunceli, ikinci hattın merkez üssünü Silopi, üçüncü hattınkini de Nusaybin oluşturuyor. Buralarda öldürülen insanlar ya sessizce mezarlıklara ya da askerî tesis ve arazilerin yakınındaki yerlerde açılan kuyulara gömülüyor. Kurucusu Binbaşı Cem Ersever olarak bilinen ancak Korgeneral Hulusi Sayın'ın talimatlarıyla faaliyete başlayan JİTEM en fazla cinayetini 1992-1994 yılları arasında işledi. Güneydoğu'daki bu 3 ölüm hattında işlenen ve sonradan ortaya çıkan cinayetlerden bazıları şunlar: İBRAHİM AKIL: JİTEM timleri, PKK'ya yardım ettiği gerekçesiyle Şırnak'a yakın Deredeuş köyünü bastı ve ateşe verdi. Caminin yanmasına dayanamayan köyün imamı İbrahim Akıl, JİTEM'ci subaya yumruk attı. Bunun üzerine öldürüldü. İki gün sonra gazetelerde ölümü "PKK'lı imam Hıristiyan çıktı" başlığıyla verildi. Akıl'ın boynuna da haç asıldı. Hasan Ergül: Yeniköy'de gözaltına alındı. Kendisinden günlerce haber alınamadı. Cesedi Elazığ'da bulundu. Önce ağır işkence yapılmış, ardından kafasına kurşun sıkılarak öldürülmüştü. Osman Demir: Korucubaşıydı. Levent Ersöz'ün Şırnak'ta alay komutanı olduğu dönemde gözaltına alındı. Ağır işkencelere maruz kaldı. Bunun sonucunda felç geçirdi. Sonra da öldürüldü. İdris Yıldırım: Silopi'de gözaltına alındı. Günler sonra cesedi Elazığ-Baskil yolu üzerinde yakılmış bir halde bulundu. Edip Aksoy ve SıDdık Etyemez: Gözaltına alındıktan aylar sonra cesetleri Cizre-Silopi arasında dere yatağında bulundu.