Tartışmanın sebebi iki projenin niçin birlikte yürütülmediğiyle ilgili.İstanbul boğazında Marmaray'a komşu geliyor. İnşaatı devam eden tüp geçiş projesinden sonra sadece araçların kullanacağı tünel geçidi için meclis bayındırlık komisyonundan onay çıktı. İstanbul'un iki yakasını denizin altından birleştirecek karayolu tünelinden günde 70 bin aracın geçiş yapması hedefleniyor. Geçidi sadece otomobiller kullanacak. Türkiye Büyük Millet Meclisi Bayındırlık Komisyonu geçidin yapılmasıyla ilgili yetkiyi ulaştırma bakanlığına verdi. Böylece Marmaray ile tünel geçit aynı elden çıkacak. Bu durum yeni bir tartışmayı başlattı. Karar bayındırlık komisyonunda, tartışmaların arasında alındı. Bazı Ak partili milletvekilleri Marmaray projesi sırasında otomobillerin de geçebileceği bir tüp geçit yapılmasını istediklerini, ancak bunun mümkün olmadığının belirtildiğini söyleyerek "o zaman yapılsaydı maliyet düşük olacaktı" dediler. İstanbul trafiğini büyük ölçüde rahatlatacak tünel geçidin yapımında kamu kaynağı ve hazine garantisi kullanılmayacak, proje yap-işlet-devret yöntemiyle ihale edilecek.