Adli Müşavir Tuğgeneral Çubuklu başkanlığındaki Kuvvet ve Jandarma Genel komutanlıkları adli müşavirleri tarafından, tutuklanması istenen 102 sanık için 'yakalama kararına itiraz' ve 'reddihakim' taleplerine ilişkin dilekçelerin Karargâh'ta hazırlandığı medyaya yansıdı. Çubuklu'nun altında imzası olan kara propaganda sitelerinin Genelkurmay tarafından kurulduğu, meçhul subayın gönderdiği mektupla anlaşılmıştı. İhbar mektubuna göre, söz konusu sitelerde AK Parti düşmanlığı yapılıyor, laik rejimin tehlikede olduğu ileri sürülüyor, en büyük tehlike olarak irtica gösteriliyordu. Çubuklu, 6 Kasım 2009'da TSK'nın irticai ve bölücü tehdit unsurlarını izlemek üzere kurulmuş internet siteleri bulunduğunu kabul etmişti. Eski Hava Kuvvetleri Askeri Savcısı Hakim Albay Ahmet Zeki Üçok'un 1 numaralı sanığı olduğu 'sahte çürük raporu çetesi'nin iddianamesinde Genelkurmay Adli Müşaviri Tuğgeneral Hıfzı Çubuklu'ya şok suçlamalar yöneltildi. Çubuklu'nun, Üçok'un bilgisayarındaki 397 dosyayı sildirdiği öne sürüldü. Hıfzı Çubuklu'nun ismi özellikle 'sahte çürük raporu çetesi'nin delillerini kararttığı iddiasıyla gündeme geldi. 2 Aralık 2009 tarihinde internete düşen ses kaydında, eski Hava Kuvvetleri Askeri Savcısı Hakim Albay Ahmet Zeki Üçok'un bilgisayarındaki 397 dosyanın Çubuklu tarafından silindiği ortaya çıkmıştı. İddialar, sahte çürük raporu çetesinin iddianamesine de girdi. Soruşturması kapsamında ifade vermesi beklenen Çubuklu, adliyeye gitmedi. Adli Müşavir Çubuklu, ifade vermeme sebebini şu şekilde açıkladı: "Birincisi, delil diye koyduklarının delil niteliği yok. İkincisi, benim ifademi almaya yetkisi yok. Biz kendilerine gerekli resmi cevabı yazdık ve gönderdik. O nedenle ifade vermeye gitmedim." Genelkurmay'ın en üst konumdaki hukukçusu olan Adli Müşavir Çubuklu, TSK içinde yaşanan olaylarla ilgili değil, olayı sızdıranlarla alakalı açtığı soruşturmalarla da biliniyor.