Mustafa Pehlivanoğlu 12 Eylül darbesinin ardından ceza evine girmiş ve idam cezasına mahkum edilmişti. Mamak askeri Cezaevi'nde yatarken bir fırsatını bularak kaçmayı başardıysa da kısa bir müddet sonra tekrar yakalandı. 12 eylül cuntası tarafından, idam edilmesi için verilen emir, 7 Ekim 1980 tarihinde Ankara merkez kapalı Cezaevi'nde yerine getirildi. Mustafa Pehlvivanoğlu'nun idam edilmesinde, solcu olarak bilinen Necdet Adalı'nın idamının payı olduğu sonradan ortaya çıktı. 12 Eylül'de iktidarı elinde bulunduranlar "bir onlardan, bir bunlardan" diyerek denge politikası izlemiş ve Adalı'ya karşı ülkücü Pehlivanoğlu idam edilmişti. İdam kararını veren Sıkıyönetim Mahkemesi Hâkimi Ali Fahir Kayacan daha sonra anlattığı anılarında, Mustafa Pehlivanoğlu'nun asılan solcu Necdet Adalı'ya denge olsun diye idam edildiğini söylemişti. Ailesinin ise oğullarının idamından 3 gün sonra cezaevine ziyarete gittiklerinde haberleri olmuştu. Bugün Başbakan Recep Tayyip Erdoğan grup toplantısında Pehlivanoğlu'nun ölmeden önce ailesine yazdığı mektubu okurken duygulandı ve gözyaşlarına hakim olamadı. İşte Erdoğan'ı duygulandıran o mektup... Sevgili anneciğim ve babacığım, sizler beni bu yaşa kadar büyüttünüz ve yetiştirdiniz. Benim sizlere karşı islemiş olduğum hataları ve suçlarımı affedin. Hakkinizi helal edin. Ben sizlerin bir evladınız olarak, bugüne kadar Cenab-ı Hakkin ve Onun Resulünün, Yüce Peygamberimizin yolundan ayrılmadım. Alın yazımız böyle yazılmış. Kader ne ise onu çekeceğiz. Ben de kardeşim Haydar gibi bir an önce Allah'ın huzuruna çıkacağım. Eğer benim günahım varsa Cenab-ı Allah'ın huzurunda çekmeye hazırım. Yok, bir yanlışlık sonucu ölümüme karar verenler, idam edenler Allah'tan bulsunlar. Sunu hiç bir zaman unutmasınlar ki, Mustafa'lar ölür, Allah davası ölmez, milliyetçilik yaşar. Kellemi verdiğim bu yolun zaferi yakindir. Zafer her zaman Allah'a inananlarındır. Bunun için hiç üzülmeyin. Cenazemin arkasından ağlamayın, günahtır. Sizden ricam ağlamayın. Anne, sizlerle helalleşmek isterdim, fakat olmadı. Hakkim varsa, hepinize helal olsun, siz de helal edin. Son olarak, abime, yengeme, yiyenime, bacıma selam eder, haklarını helal etmelerini dilerim. Nişanlıma da selam eder, Cenab-ı Allah'ın mutlu bir yuva kurması için ona yardımcı olmasını dilerim. Oğlunuz Mustafa 7 Ekim 1980