Doğan, son olarak, Diyarbakır'da yürütülen faili meçhuller soruşturması kapsamında ifade verdi. İstanbul Adliyesi'nde savcı karşısına çıkan Ergenekon sanığına, Diyarbakır'dan gönderilen 57 soru yöneltildi. 33 er olayı, Gaffar Okkan suikasti, Kürt yazar Musa Anter ve Albay Rıdvan Özden cinayetleri. Bir dönemin karakutusu Doğan'dan, 1993-96 yılları arasındaki karanlık olayların perde arkasını anlatması istendi. "Jitem'i ben kurdum" diyen Doğan'a, Mayıs 1993'de Elazığ-Bingöl karayolunda 33 erin şehit edilmesi olayında, saldırıyı gerçekleştiren PKK'nın, JİTEM'den yardım görüp görmediği soruldu. Doğan'ın sorular karşısında zor anlar yaşadığı iddia edildi. Emekli Albay Arif Doğan'a, Diyarbakır Emniyet Müdürü Gaffar Okkan suikastiyle, Kürt yazar Musa Anter cinayeti de soruldu. İddiaya göre Doğan, Okkan suikastiyle ilgili kendi kurduğu JİTEM'in değil, Cem Ersever'in içinde olduğu 2. JİTEM'in sorgulanmasını istedi. Anter cinayeti çin de Cem Ersever ve Yeşil'in ekibini işaret etti. Doğan'a yöneltilen dikkat çekici sorular arasında, 1989 yılında JİTEM tarafından Irak'a verilen eski KDP peşmergesi Mehmet Kılıç'ın öldürülmesi olayı da vardı. Doğan'a, "Saddam'ın idam ettirdiği Kılıç'ı, JİTEM mi teslim etti'' diye soruldu. Ergenekon sanığının bu soruya "evet" dediği öne sürüldü.