Özellikle 'Balyoz' sanığı iki general ve bir amiralin açığa alınmaları sonrasında, idarenin Türk Silahlı Kuvvetleri üzerindeki yetkileri tartışma konusu oldu. Bu tartışmalar sürerken, sivillerin jandarmaya sicil vermelerini sağlayan yasal düzenlemenin 17 yıldır uygulanmadığı ortaya çıktı. 1993'te 2803 sayılı Jandarma Kanunu'na, 507 sayılı Kanun Hükmünde Kararname'nin 3. maddesi ile eklenen metne göre; valilerce il jandarma alay ve ilçe jandarma komutanları hakkında mülki sicil düzenlenmesi gerekiyor. Düzenlemede, "İl Jandarma alay ve ilçe jandarma bölük komutanları hakkında mesleki sicillerinden ayrı olarak, valilerce mülki sicil düzenlenir. Mülki sicilin düzenleme usul ve esasları Subay ve Astsubay Sicil Yönetmeliği'nde belirlenir." hükmü yer alıyor. 17 yıldır uygulamanın hayata geçirilememesinin nedeni olarak da Jandarma Genel Komutanlığı tarafından Subay ve Astsubay Sicil Yönetmeliği'nin henüz kanuna uygun hale getirilmemesi gösteriliyor. Bu yasanın idari otoriteye yetki veren bir yasa olduğunu hatırlatan Askeri Yüksek İdare Mahkemesi (AYİM) eski üyesi Hâkim Yarbay Veysi Savaş, yasanın askeri otoritenin valilerin kendileri hakkında mülki sicil verebilmelerini kabullenemediği için yürürlüğe konulmadığını anlatıyor. Savaş, "Asker, 'vali veya kaymakam kim ki bana sicil verecek' düşüncesinde, bu yüzden idari otoritenin kendileri üzerinde baskı kurmasını istemiyor." şeklinde konuşuyor. Emekli Jandarma Binbaşı Kemal Şahin ise, "Genelkurmay nasıl sivil otoriteye karşı direniyorsa asker de sivilden sicil almamak için direniyor. O yüzden bunca yıl bu yasa uygulanamadı." diyor.