İddianamede TÜBİTAK'taki bazı atamaların Kafes Eylem Planı'yla ilgili yazışmalarda 'fabrikatör ve başkan' olarak geçen Ergenekon sanıklarından İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek'in onayından geçtiği belirtiliyor. Bektaş'ta ele geçirilen "gündemlerim.doc" isimli word dosyasında, "MSB'nin daha etkin kullanılması için Mazlum Savaş Onur'un oraya gitmesini Özden Paşa emretti, Fabrikatör kabul etti, Engin'le iyi bir ikili oluşturacaklarını söyledi." ifadesi bulunuyor. Söz konusu belgede adı geçen Mazlum Savaş Önder, 1997 yılında tuğamirallik rütbesine yükseltilen emekli bir TSK personeli. "Fabrikatör'ün Engin'le iyi bir ikili oluşturacaklarını söylediği" Engin'in ise Abdullah Öcalan'ın Kenya'dan Türkiye'ye getirildiği dönemde Özel Kuvvetler komutanı olan Tümgeneral Engin Alan olduğu iddia ediliyor. Alan, Öcalan'ın savcıya teslim edilmeden önce Ankara'da yapılan 3 günlük "özel sorgusunda" bizzat bulundu. Alan'ın ismi 1995'te Azerbaycan'daki darbe girişimi ile Güneydoğu'daki yargısız infazlarla gündeme geldi. Özden Paşa'nın ise tuttuğu darbe günlüklerinden dolayı Ergenekon davasını yürüten savcılara ifade veren eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek olduğu tahmin ediliyor. MSB'nin etkin kullanımı için gönderilecek emekli Tuğamiral Mazlum Savaş Onur'un MİLGEM projesinin yürütücüsü olduğu biliniyor. MİLGEM, halihazırda yürütülmekte olan iki milli gemi projesinden biri olma özelliğini taşıyor. Savunma Sanayii'ne özel ihtimam Özellikle Savunma Sanayi Araştırma ve Geliştirme Enstitüsü'nde (SAGE) faaliyetlerini sürdüren cunta, çalışanları hem fişlemiş hem de kendisi adına çalışanların birimlerinde yükselmeleri için ellerinden geleni yapmış. Belgede SAGE biriminde çalışan Gülay Sandıkçıoğlu'ndan geldiği belirtilen notta, başka bir görevli Aydan Cemaloğlu hakkında şu notlar düşülmüş: "Aydan Cemaloğlu Hanım'ın geçmişte katılmış olduğu özgürlükçü eylemler sırasında girdiği karelere ulaşıldığı için kleransı (belli bir güvenlik seviyesindeki planlara ulaşabilmek için verilen yetki) yenilenemedi. Aydan Hanım, bizim arkadaşlardan çok sevdiğimiz birisi. Bu eksiklikten dolayı kendisi de, biz de zor durumda kalıyoruz. Bu durumu bir şekilde halledebileceğinizi söylediler. Müjdat Mazhar Tohumcu Bey de konuyla yakından ilgileniyor." Gülay Sandıkçıoğlu TÜBİTAK SAGE'de yönetici olarak çalışıyor. Aydan Cemaloğlu ile ilgilenecek olan Müjdat Tohumcu ise SAGE'nin müdürlüğü görevini yürütüyor. Aydan Cemaloğlu ise SAGE'de çalışan bir görevli. Diğer yandan Doç. Dr. Tohumcu, geçtiğimiz eylül ayında imzalanan "Duyarsız Patlayıcı Altyapısı Projesi"nde görev alan bilim adamları arasında yer alıyordu. Savunma Sanayi Müsteşarlığı'nda uzmanlık görevini yürüten Umur Çağlayan ise notlarda çok değerli bir çalışan olarak anılıyor. TÜBİTAK Ulusal Elektronik ve Araştırma Enstitüsü çalışanı Mert Özel'den gelen raporda Çağlayan için, "Bizim için çok değerli ve birçok organizasyonumuzda aktif görev almaktadır." ifadelerine yeriliyor. Yine belgeler de adı geçen UEKAE'de görevli Merdan Metin ile ilgili bilgilerde çok ilginç ayrıntılar içeriyor. Enstitüde yönetici konumunda olan Metin için, "Merdan'a projeyi anlat. Ayrıca Merdan'ı daha aktif kullanmalıyız. Yeni görevler verelim. TÜBİTAK'ta terfisi hallolmayacaksa başka bir yere alalım." şeklinde ifadeler bulunuyor.