Hanefi Avcı, Ergenekon terör örgütü savcıları Zekeriya Öz, Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın'a ifade vermişti. Avcı, ifadesinde, 1984-1992 arasında Diyarbakır'da istihbarat şube müdürü olarak görev yaptığını, bu esnada JİTEM diye bir kuruluş olduğunu ve Ankara'da başında Veli Küçük isminde birinin olduğunu duyduğunu anlatıyor. Halen Eskişehir emniyet müdürü olarak görev yapan Avcı ifadesinde şunları söylüyor: "1992 yılında İstanbul İstihbarat şube müdürü olarak görev yaptığımda o dönem mafyacı olarak bilinen Sami Hoştan, Ali Fevzi Bir, Mehmet Özbay (Abdullah Çatlı), Sedat Peker, Mehmet Hadi Özcan, Yaşar Öz gibi adamların bire bir Veli Küçük ile ilişkisi olduğunu duydum. Veli Küçük de o dönem Kocaeli İl Jandarma komutanı olarak görev yapıyordu. JİTEM ile resmî bağlantısı yoktu. Ancak devlet görevlileri ve polis ile askeriye ile irtibatlı olan mafyavari şahısları takip ettiğimiz esnada bu şahısların irtibatları ortaya çıkıyordu. Şu anda bu adamların geçmişte kullandığı telefonlar sorulduğunda birebir kimlerle görüştüğü geçmişe yönelik de olsa tespit edilebilir." Hanefi Avcı, savcılara verdiği ifadede, 2001 yılında Tuncay Güney'den çıkan Ergenekon'un yeniden yapılandırılması belgesinin çok dikkat çekici olduğunu, Susurluk komisyonunda benzer bir yapılanmanın olduğunu gördüğünü belirtti. Hanefi Avcı'nın açıklamaları, Ergenekon davasının sanıklarından emekli Albay Arif Doğan'ın emniyetteki sorgusunda verdiği ifadeyle örtüşüyor. Emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün sağ kolu olarak bilinen Arif Doğan, ifadesinde JİTEM'in kurucusu olduğunu söylemişti. Doğan, "Ben bunun kurucusuyum. Yasalara uygun olarak terörle mücadele ettik. Faaliyet alanı OHAL bölgesidir." ifadelerini kullanmıştı. Doğan, 1990 yılında Jandarma İstihbarat Grup Komutanlığı görevini Küçük' e devrettiğini aktarmıştı. Veli Küçük, 15 Aralık 2008'de yaptığı savunmasında JİTEM'in varlığını yalanlamıştı. Hanefi Avcı'nın 1997 yılında Meclis Susurluk Araştırma Komisyonu'na verdiği ifadeler çok konuşulmuştu. Devlet içerisindeki illegal faaliyetlere dikkat çeken Avcı, MİT, JİTEM ve Emniyet İstihbaratı içerisindeki oluşumların terörle mücadele adı altında bir takım kirli işler ve faili meçhul cinayetleri işlediğini söylemişti.