İddialara ilişkin Zaman'ın sorularını cevaplayan Bağış, "Bu tür haberleri ciddiye almıyoruz, iddiaların gerçekle yakından uzaktan ilgisi yoktur. TC Başbakanı kimseyle gizli pazarlık yapmaz." dedi. Başbakan Erdoğan'ın bu konudaki görüşlerini mayıs ayındaki Atina ziyareti sırasında düzenlediği basın toplantısında açıkça ortaya koyduğunu belirtti. Erdoğan Atina'da "Patrikhaneyi Ekümenik olarak tanıyor musunuz?" sorusuna, "Ecdadımı rahatsız etmediğine göre beni de rahatsız etmez." cevabını vermişti. Hükümetin daha özgür, çağdaş, demokratik ve şeffaf bir hayat için adımlar attığını vurgulayan Bakan Bağış, Türkiye-Yunanistan ilişkilerinin gelişmekte olduğu bir dönemde basının bunu desteklemek yerine şüphe doğurucu haberler yapmasını da manidar bulduğunu sözlerine ekledi. Yunanistan ToVima gazetesi, Başbakan Erdoğan'ın Türkiye'nin, AB perspektifi açısından önemli olan din hürriyeti konusunda imajını düzeltmek için patrikhanenin "ekümenik" sıfatının ve yasal statüsünün tanınması, Heybeliada Ruhban Okulu'nun yeniden açılmasını içeren gayriresmi bir anlaşma yaptığını iddia etmişti. İddialar, Türk basınında da yer bulmuştu.