Ergenekonla bağlantılı hücre tipi yapılanmanın, stratejik öneme sahip kurumlara da sızmaya çalıştığı öne sürüldü... Hedeflerinde de, ASELSAN, HAVELSAN ve TÜBİTAK vardı. İlgili belge Amirallere suikast iddianamesine girdi. Belgeye göre, iddia edilen ETÖ uzantılı cuntacılar, 1972 yılında kurulan SAGE, yani Savunma Sanayii Araştırma ve Geliştirme Enstitüsü ile yakından ilgileniyorlardı. Dökümanda, deşifre olanlarla, özel olarak ilgilenilmesi isteniyor. Hatta "Bizim amcalar konuya el atmalı" ifadesi kullanılıyor. Havelsan ismi, Genelkurmay Başkanlığı'nda, Albay Ahmet Zeki Üçok hakkında yapıldığı ileri sürülen delil karartma işlemlerinde de geçiyordu. İnternet sitelerine düşen ses kaydında, Genelkurmay Adli Müşaviri Tuğgeneral Hıfzı Çubuklu olduğu öne sürülen kişi, bilgi ve belge ayıklamasından söz ediyordu. Hakkında bilgi belge istenen Üçok, karargah evleri soruşturması için görevlendirilmişti. Ve İşçi Partililerin yargılandığı Karargah Evleri Soruşturmasına, İşçi Partili bilirkişi atamasıyla gündeme geldi... Üçok'un illegal yapılanmanın üzerini örtmeye çalıştığı iddia ediliyordu.