İlk klasörlerde dikkat çeken en önemli mesele gizlilik talimatları. Öyle ki "Muhabere" başlığını taşıyan belgede, "bilinmesi gereken prensibine" riayet edilecek deniyor. Yani, Balyoz'da görevli personelin bilmesi gereken kadar bilgilendirileceği vurgulanıyor. Sanıkların yok dediği dehşet planları bu klasörlerde de yer alıyor. Gizlilik en çok da bu planlarla ilgili. İşte, eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek imzalı olduğu iddia edilen "Suga Eylem Planı" ile ilgili tedbir talimatları. "Sivil hatlarla "Suga" hakkında konuşulmaması emrediliyor. "Suga" ile Yunanistan ile gerilim çıkarmak, "Oraj" ile kendi jetimizin düşürülmesi planlanıyordu. Eski Hava Kuvvetleri Komutanı İbrahim Fırtına imzalı olduğu iddia edilen "Oraj Hava Harekât Planı"nda, görevli personelin amirleriyle bile konuşmamaları isteniyor. Bu talimatlar, halka inmesi planlanan Balyoz'un ne kadar gizlilik içerisinde hazırlandığını ortaya koyuyor.