30 Mart 2008 tarihinde Cumhuriyet gazetesine yönelik molotoflu saldırıyla ilgili 6'sı tutuklu 8 sanık hakkında dava açılmıştı. Davaya İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi bakıyordu. Mahkeme dosyanın Ergenekon ana davasıyla birleştirilmesini talep etti. Ancak ana davaya bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi bu talebi reddetti. Ergenekon davasına bakan mahkemenin red kararı, olayların bağlantılı olmadığı gerekçesine dayanmıyordu. Aksine Cumhuriyet'e saldırının Ergenekon bağlantısı teyit ediliyor, ancak iş yüküne dikkat çekilerek davaların birleştirilmesine karşı çıkılıyordu. İki mahkeme arasında yaşanan uyuşmazlık sebebiyle 10 klasörden oluşan Cumhuriyet gazetesine molotoflu saldırı davasının dosyası ile 750 klasör ve 10 DVD'den oluşan Ergenekon dava dosyaları Yargıtay'a gitti. Yargıtay savcısı da "Dosyalar birleştirilmesin" dedi. Ancak Yargıtay 5. Ceza Dairesi 13 Nisan 2011'de oy birliği ile davanın Ergenekon ana davasına dahil edilmesine karar verdi. Davaların birleştirilmesinin ardından molotof davası sanıkları da ilk kez Ergenekon Davasının görüldüğü Silivri'de hakim karşısına çıktı.