18 Nisan 2007 günü Malatya'da Zirve Yayınevi'ni basan 5 şahıs, biri Alman ikisi Türk 3 kişiyi katletmişti. Cinayetin derin bağlantıları olduğu şüphesi ilk andan itibaren dile getirildi. Misyonerlik gerekçesiyle işlendiği iddiaları ise kamuoyuna inandırıcı gelmedi. Zirve cinayetlerinin Ergenekon'la bağlantılarına ilişkin ilk somut adım Kasım 2008'de atıldı. Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi Ergenekon İddianamesi'ni dosyaya ekledi. Ardından Hrant Dink, Rahip Santoro ve Zirve Cinayeti'nden "operasyon" diye söz eden "Kafes Eylem Planı" ortaya çıktı. Davanın müdahil avukatları gayri müslimleri hedef alan "Kafes Planı"nın deşifre olmasıyla birlikte Ergenekon savcılarına gitti. Ve cinayetlerin Ergenekon kapsamında incelenmesini talep ettiler. Tarihler 24 Aralık 2010'u gösterdiğinde Zirve Cinayeti Davası'nın seyrini değiştiren bir gelişme yaşandı. Bir askeri istihbarat personeli "gizli tanık" sıfatıyla savcıya ifade verdi. Ve iddiaya göre 'büyük resmi' en ince ayrıntısına kadar anlattı. Savcılığın gizli tanığın anlattıklarını araştırdığı dönemde, adliyeye bir de CD ulaşmıştı. CD'de, Zirve katliamının hemen ardından Malatya Organize Sanayi Jandarma Karakolu'nda yapılan bir toplantıya ait ses kayıtlarının olduğu söyleniyordu. İddiaya göre o kayıtlar cinayetlerin emrini kimin verdiğini, katliamdan sonra kimin kaç para aldığını ele veriyordu. Bütün bu ipuçları ve ihbarların ardından Perşembe günü 9 ilde yapılan operasyonda 9 şüpheli gözaltına alındı. Dün adliyeye sevk edildiler. Gündüz başlayan sorgu gece yarısına kadar devam etti. Saatler süren sorgunun ardından mahkeme kararını verdi. Malatya İl Jandarma Eski Komutanı Emekli Albay Mehmet Ülger, İnönü Üniversitesi öğretim üyesi Ruhi Abat ile 5 muvazzaf asker toplam yedi kişi tutuklanarak cezaevine gönderildi. İki kişi ise serbest bırakıldı. Ergenekon Davaları ile Zirve katliamı davalarının birleştirilip birleştirilmeyeceğine mahkemeler karar verecek.