Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan ikinci iddianamenin ekleri arasında 113. klasörde, Cumhuriyet Çalışma Grubu (CÇG) bünyesinde faaliyet gösteren Ulusal Birlik Hareketi'nin çalışmalarından söz ediliyor. Belgelerde, CÇG bünyesinde görev yapan özel istihbarat timinin Hareket'in yöneticiliğini yapan Berkarda'yla görüşmesi var. Hazırlanan rapora göre Berkarda, AK Parti'nin iktidar olması ile ilgili problemin Siyasi Partiler Kanunu ve Seçim Kanunu'ndan kaynaklandığını savunmuş. Türk Silahlı Kuvvetleri'nin müdahalesi ile bu kanunların değiştirilip tekrar seçime gidilmesi ile partinin önünün kesilebileceğini öne sürmüş. AK Parti'nin iktidara gelişini ise imam hatip liseleri, camiler ve yeşil sermayeye bağlamış. Ayrıca halkın cahil olduğunu ve eğitilmesi gerektiğini vurgulamış. Eski rektör, iktidarların sadece TSK ve üniversitelere söz geçiremediğini öne sürerek AK Parti'nin yeni YÖK Yasa Tasarısı'na direnilmesi gerektiğini söylemiş. Hazırlanan raporda, Ulusal Birlik Hareketi'ne destek verilmesi için garnizon komutanlıkları ve jandarma bölge komutanlıkları ile görüşülmesi yönünde tavsiye kararı alınmış.