İddianamede Ergenekoncuların, Atatürk’ün de kendi örgütlerinin içerisinde olduğuna inandığı, bunun da zamanı geldiğinde açıklanacağı yönünde ilginç ifadeler yer aldı. İddialar öyle çarpıcı ki, Türkiye Cumhuriyeti'nin kurucusu Mustafa Kemal Atatürk’ün ismi bile iddianame de yer ald�ı. İddianamenin 8. maddesinde yer alan ifadelerde sanık Sevgi Erenerol’dan çıkan ‘Derin Ergenekon’ adlı bir belge çıktığı belirtiliyor. ‘Atatürk’ün de kendi örgütlerinin tarikatvari ve dini yapısının içinde olduğu belirtildiği ‘Derin Ergenekon’ isimli belgede iddianameye yansıyan çarpıcı ifadeler şöyle; "Alpler alperenlar adlandırılan örgütsel konumda kişilerin Türk ordusuna sızmaya çalıştıkları ve gizlilik gereği olan bazı şeylerin açıklanmaması gerektiği, Özel Kuvvetler Komutanlığı’nın Ergenekon’un gözbebeği olduğu, hatta daha da ileri gidilerek Cumhuriyetimizin kurucusu Mustafa Kemal Atatürk’ün dahi kendi örgütlerinin tarikatvari ve dini yapısının içerisinde olduğu ancak bunun henüz açıklanmasının zamanı gelmediğinden açıklanmaması gerektiği şeklinde ibarelerin bulunduğu görülmüştür" DHA