İlaç Endüstrisi İşverenler Sendikası (İEİS), sistemin 'gerçek zamanlı' uygulanmadığına dikkat çekerek, "İlacın hastaya ulaşması sürecinde, gerçek zamanlı çalışmayan bir sistemde ne hasta güvenliği sağlanabilecek ne de sahteciliğin önüne geçilebilecektir." eleştirisinde bulundu. Hasta güvenliğinin sağlanması ve kupür sahteciliğinin önlenmesi amacıyla uygulamaya konulan ilaç takip sistemi 16 Mayıs tarihinden 1 Haziran'a kadar sürecek. Ancak uygulamanın başlamasının ardından sistemde çeşitli aksaklıklar oluştuğunu ve hastaların ilaç alımında bazı sorunlar yaşandığı ileri süren işveren sendikası, bu aksaklıkların bir kısmının ilaç firmalarının eksikliğinden kaynaklandığına yönelik açıklamaları da eleştirdi. İEİS, konuyla ilgili açıklamasında özetle şunları dile getirdi: "İlaç endüstrisi, gerekli yatırımları derhal yaparak, İTS'nin talep ettiği teknik ve operasyonel alt yapıyı zamanından önce oluşturmuştur. İTS hazırlık süreci, yaklaşık 3 senedir devam etmektedir. Tüm ciddi maliyet unsurlarına rağmen ilaç firmalarımız ilk günden bu yana projeye destek olmuş, ilgili mevzuatın gereklerini yerine getirerek, büyük tutarda yatırım yapmışlardır. Endüstri, mevzuatın gereklerini istenilen sürelerde yerine getirmesine karşın malesef uygulama sorunlarından en çok mağdur olan taraf olmuştur. Eczaneler, geçiş sürecine bir türlü hazırlıklı girmedi ama ilaç firmaları 2009 yılının başından bu yana hazır bir şekilde bekledi. 2010 yılı öncesi karekodsuz olarak piyasaya sürülen ilaçların yıl sonuna kadar piyasada bulunmalarına imkan tanınması sistemin işleyişinde yaşanacak aksaklıkları engelleyecektir." (CİHAN)