Tutuklu sanıklardan Kemal ve Neriman Aydın'ın örgütün Kara Kuvvetleri ve askerî okullardaki örgütlenmeyi yürüttükleri vurgulanırken, Karargah Evleri'nin Hava Kuvvetleri içinde örgütlenmesinden Kurmay Albay Cengiz Köylü'nün sorumlu olduğu belirtiliyor. Örgütün Deniz Kuvvetlerine sızmasını ise Erbay Çolakoğlu sağlamış. Milli İstihbarat Teşkilatı'nın Ergenekon soruşturması kapsamında İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdiği 330 sayfalık raporda, "Karargâh Evleri Projesi"nin tüm detaylarına yer veriliyor. MİT raporunda, lüks bir alışveriş merkezinde dükkan sahibi olan İbrahim Arslan ile 'Dede' lakaplı Alevi kesim ileri geleninin bu oluşumda kilit rol oynadıkları belirtiliyor. Raporda şöyle deniliyor: "İşçi Partisi ve Alevi kesimin yanı sıra; bazı TSK mensuplarının da katılımıyla 'emperyalistlerle, Cumhuriyet karşıtları/yıkıcıları ile mücadele' amacıyla bir hareket başlatıldığı yönünde hassas kaynaktan bilgiler intikal etmiştir. Yürütülecek bu çalışmalarda, hiçbir kurum ve oluşumun zarar görmemesi için "Karargah Evleri" adı altında çekirdek kadronun oluşturulmasının öngörüldüğü alınan bilgilerdendir."