İddialara göre, Ergenekon soruşturmasında mahkemelerin verdiği arama kararlarının hukuka aykırı olduğunu ileri süren HSYK üyeleri, 'kanun yararına bozma' yoluna gidilmesini istemiş. Üyeler, eski Yargıtay Başsavcısı Kanadoğlu'nun evinin aranması kararının Yargıtay'da bozulması için Adalet Bakanlığı'ndan başvuru talep etmiş. İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi'nin Kanadoğlu'nun evinin aranmasıyla ilgili kararında Ergenekon örgütünün eylemleri belirtilerek, arama gerekçeleri arasında Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet Gazetesi'nin bombalanması da yer almıştı. Ertosun, "Yapılan soruşturmayla ilgili hukuki ve fiili bağlantısı olmayan kişi ve olaylarla ilgili suçlamaların aynı kapsamda değerlendirilmesi yasal mı, değil mi?" konusunda kanun yararına bozma talebinde bulunduklarını belirtti. Ertosun, bu taleplerini şu sözlerle savundu: "Bu ülkede yıllarca PKK ile ilgili, DHKP-C ile ilgili soruşturmalar yapıldı. Hepsi bir dosyada mı birleştirildi? İstanbul İstanbul'dakileri, Ankara Ankara'dakileri gördü. Bunların irdelenmesini istiyorsak, kurul olarak bunlarla biz ilgilenmeyeceğiz de kim ilgilenecek?" İdari bir kurul niteliğindeki HSYK'nın yüksek yargıdan gelen üyelerinin YARSAV Başkanı Eminağaoğlu'nun görüşlerine benzer şekilde, MİT ve Emniyet'in Türkiye genelindeki dinleme kararlarının da bozulmasını talep etmiş. Ergenekon'da verilen tutuklama kararlarına yapılan itirazları mahkeme üyesinin incelemesine karşı çıkan Kurul, 'itirazları mahkemenin mi, yoksa heyet başkanlarının mı inceleyeceği' konusunda Yargıtay'a gidilmesini karara bağladığı kaydedildi. Yine üyelerin, YARSAV Başkanı Eminağaoğlu gibi adalet müfettişlerinin talepleri üzerine mahkeme kararıyla hakim ve savcıların dinlenmesinin hukuka aykırı olduğunu savunduğu belirlendi.