Papa, Esenboğa Havalimanı'nda Başbakan Recep Tayyip Erdoğan ile gerçekleştirdiği görüşmenin ardından, Çevre Yolu'ndan, beraberindeki heyetle Anıtkabir'e geldi. Papa 16. Benediktus ve beraberindekiler, Anıtkabir avlusundan, üzerinde ''Papa Benedict XVI'' yazan kırmızı ve beyaz karanfillerden oluşan çelenkle Büyük Önder Atatürk'ün mozolesine geldiler. Mozoleye çelenk koyan Papa, daha sonra dua etti. Ardından, Papa ve beraberindekiler, Büyük Önder Mustafa Kemal Atatürk'ün manevi huzurunda saygı duruşunda bulundu. Papa 16. Benediktus, daha sonra Misak-ı Milli Kulesi'ne geçerek, Anıtkabir Özel Defteri'ni imzaladı. Papa, deftere şunları yazdı: ''Farklı din ve kültürlerin buluştuğu, Asya ve Avrupa arasında bir köprü olan bu topraklarda Türkiye Cumhuriyeti'nin kurucusunun sözlerini kendi sözlerim gibi söylemekten memnuniyet duyuyorum: Yurtta barış, dünyada barış.'' Daha sonra Atatürk ve Kurtuluş Savaşı Müzesi'ni kısa süreyle gezen Papa 16. Benediktus, Anıtkabir'den ayrılırken, merdivenlerde, basın mensuplarının görüntü almasına izin verdi. Papa'ya, ziyareti sırasında Devlet Bakanı Beşir Atalay'ın yanı sıra Ankara Garnizon ve 4. Kolordu Komutanı Korgeneral Saldıray Berk, Ankara Valisi Kemal Önal ve Dışişleri Bakanlığı Protokol Müdürü Oya Tuzcuoğlu eşlik etti. Anıtkabir ziyareti sırasında, Papa'ya, görevli bir subay tarafından tören ve Büyük Önder'in ebedi istirahatgahı hakkında bilgi verildi. Papa 16. Benediktus, Anıtkabir ziyaretinin ardından Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer ile görüşmek üzere Çankaya Köşkü'ne hareket etti. Sezer, Çankaya Köşkü'nde, Papa'yı resmi törenle karşılayacak.