TCDD Genel Müdürlüğünden yapılan yazılı açıklamada, projenin Ankara-Eskişehir etabında yeni hattın mevcut hatla kesiştiği noktaların düzenleneceği, eski demiryolu ile yeni demiryolunun paralel hale getirileceği belirtildi. İlören, Beylikova ve Biçer istasyonlarında yapılan çalışmaların 17-18-19 Ağustos tarihleri arasında sonuçlandırılacağı, bu nedenle Ankara-Haydarpaşa ve Ankara-İzmir parkurundaki anahat trenlerinin seferlerinin yeniden düzenlendiği kaydedildi. Açıklamaya göre, kesişme noktalarının düzenlemesi nedeniyle 17 Ağustos 2006 günü Güney Ekspresi çalıştırılmayacak. 17-18 Ağustos tarihlerinde Başkent, Cumhuriyet, Anadolu, Ankara, Fatih, Doğu, İzmir Mavi, Boğaziçi ve Karesi ile 9 Eylül Ekspresleri, 18 Ağustosta ise Vangölü, Trans Asya ve Güney ekspreslerinin seferleri gerçekleştirilmeyecek. 19 Ağustos 2006 tarihinde de Başkent, Cumhuriyet, Doğu, Boğaziçi, Karesi ve 9 Eylül ekspresleri sefer yapmayacak.