Ergenekon soruşturması kapsamında yapılan son operasyon öncesinde Zirve Yayınevi katliamı ile Ergenekon arasında irtibat olduğunu gösteren rapor ve ifadeler bulunuyor. Gizli bir tanık da ifadesinde, Zirve Yayınevi cinayetinin, eski Malatya Alay Komutanı Mehmet Ülger ve öğretim görevlisi Ruhi Abat, İstihbarat Binbaşı Haydar Yeşil'in de aralarında bulunduğu bir ekip tarafından planlandığını söylemişti. Zirve Yayınevi cinayeti davasının avukatları da özel yetkili savcılıktan aradaki ilişkinin araştırılmasını talep etmişti. Zirve Yayınevi'nde misyonerlik yaptıkları gerekçesiyle 3 kişinin öldürülmesi olayını planladıkları ve azmettirdikleri gerekçesiyle bir çok zanlı hakkında gözaltı kararı verildi. Ergenekon savcısı Zekeriya Öz'ün talimatı ile başlayan operasyon öncesinde cinayetle Ergenekon ilişkisini gösteren rapor ve ifadeler bulunuyor. Savcı Öz'e 29 Aralık 2010'da ifade veren gizli bir tanık cinayetin, eski Malatya Alay Komutanı Mehmet Ülger, öğretim görevlisi Ruhi Abat, İstihbarat Binbaşı Haydar Yeşil'in de aralarında bulunduğu bir ekip tarafından cinayetin planlandığını söylemişti. Bu ifadenin yanı sıra Dink ve Zirve Yayınevi cinayeti davalarında tanık olarak ifade veren Erhan Özen, cinayetinin azmettiricisi olduğu iddiasıyla yargılanan Varol Bülent Aral ile Ergenekon davası sanıkları emekli Tuğgeneral Veli Küçük ve emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin'in irtibatlı olduğunu söylemişti. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın isteği üzerine Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'nün cinayetle Ergenekon soruşturması arasında bir bağ olup olmadığına yönelik 32 sayfadan oluşan raporda da bağlantılar anlatılıyor. Kafes Eylem Planı'nın ortaya çıkmasıyla Santaro, Malatya Zirve Yayınevi ve Hrant Dink cinayetleri için 'operasyonlar' ibaresi kullanıldığını belirten raporun sonuç bölümünde, "Ülkemizde son zamanlarda meydana gelen provokatif amaçlı olaylar incelendiğinde hemen hemen her birisinin değişik amaçlar içerdiği, bir olayda laik-antilaik çatışması tetiklenmeye çalışıldığı, bir kısım olaylarda azınlıkların hedef alındığı, bir takım olaylarda da ülkemizi uluslar arası arenada sıkıntıya sokmaya çalışıldığı görülmüştür." deniliyor. Raporda, "Soruşturma kapsamında haklarında işlem yapılan Ahmet Hurşit Tolon ve Durmuş Ali Özoğlu isimli şahıslardan, "Türkiye'de yaşayan azınlıklarla" ve "Rum, Ermeni, Yahudi azınlığın sahip oldukları vakıflarla" ilgili detaylı bilgilerin yer aldığı "gizli" ibareli belgeler olduğu, yine aynı şahıslarda misyonerlik faaliyetleri ile ilgili bilgileri içeren- belgeler olduğu, şahıslardan elde edilen PH 02-2-9 isimli word dosyalarının birebir aynı olduğu ve her iki belgede de Türk Ortodoks patrikhanesi sözcüsü Sevgi Erenerol'un ifadesi ile, "Batı Kurtuluş savaşı ile yapamadığını, misyonerlik ile yapmaya çalışmaktadır. Misyonerlik kilise kurumu olarak görünse de, aslında Emperyalizmin mızrak ucudur." şeklinde ibarelerin olduğu, Soruşturma kapsamında hakkında işlem yapılan Hüseyin Buzoğlu ve Ergün Poyraz isimli şahıslardan elde edilen dijital verilerde Sevgi Erenerol isimli sanığın askeri personele yönelik vermiş olduğu misyonerlik konulu konferansa ait video görüntüleri ve konferansın çözüm metninin olduğu görülmüştür. Bu hususlar birlikte değerlendirildiğinde Sevgi Erenerol isimli şahsın her ne kadar söylemiş olduğu sözleri genel bir kitleye hitap ediyormuş gibi söylediği görülse de, Ergenekon Terör örgütünün faaliyetleri kapsamında özellikle bir gruba yönelik bilgilendirme ve yönlendirme faaliyeti içerisinde olduğu, ayrıca Ahmet Hurşit Tolon'dan elde edilen 1 nolu cd içerisinde yer alan misyonerlik isimli 27 slaytlı sunumun 20. slaytında Kayra Dağıtım isminin ve il bazında Malatya, İstanbul, İzmir, Trabzon şehir isimlerinin özellikle belirtilmesi, Durmuş Ali Özoğlu ve Hurşit Tolon'dan elde edilen dijital verilerde Mesrob Mutafyan isminin bulunması ve aynı şahsın isminin soruşturma kapsamında tutuklu sanıklardan İbrahim Şahin'den de tedhiş planı çerçevesinde elde edilmesi bahse konu, şehir, kurum ve şahıs isimlerinin özel hedef gösterildiği kanaatini oluşturmaktadır. Kafes Operasyonu Eylem Planı'nın 'Durum' başlığı altında; "Santaro, Malatya Zirve Yayınevi ve Hrant Dink" eylemleri için "operasyonlar" ibaresi kullanılmıştır. Belirtilen bu üç eylemin de Ergenekon Terör örgütü amaçları doğrultusunda yapılan eylemler oldukları değerlendirilmektedir." ifadeleri yer alıyor. Raporun sonuç bölümü, "İş bu iddia olunan Ergenekon terör örgütü ile Zirve cinayeti sanıklarının irtibatlarını gösterir rapor tarafımızdan tanzimle altı birlikte imza altına alınmıştır." ifadeleri ile son buluyor. Bunların yanı sıra Zirve Yayınevi davasının müdahil avukatı Erdal Doğan'ın 18 Ocak 2010 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na verdiği dilekçenin de soruşturma dosyasında yer aldığı öğrenildi. Doğan, Savcı Öz'e verdiği dilekçede, Ergenekon sanıkları ile Zirve Yayınevi cinayeti sanıklarının ilişkilerinin araştırılmasını talep etmişti.