'Türkiye'de Farklı Olmak-Din ve Muhafazakarlık Ekseninde Ötekileştirilenler' anketindeki bazı bilgileri, araştırmanın başındaki Boğaziçi Üniversitesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Binnaz Toprak da doğrulamadı. Toprak, aktardıkları olayların 'mutlak doğru' sayılamayacağını söyledi. Kendilerinin baskı altında olduğunu ileri süren bir kısım insanla görüşmeler yaptıklarını belirten Prof. Dr. Toprak, "Bize aktarılanların bir kısmı yalan olabilir. Karşı tarafa sorsak 'böyle bir şey yapmadık' diyecek. Biz yargı makamı değiliz. Hangisinin doğru söylediğini nereden bileceğiz?" dedi. Araştırmanın CHP İl Örgütleri, Atatürkçü Düşünce Dernekleri, Eğitim-Sen, Eğitim-İş gibi belli bir ideolojik duruşu temsil eden kesimlerle yapılmasının yönlendirmelere sebep olduğu şeklindeki eleştirilerinin kabul eden Toprak, 'başka çareleri olmadığını' belirtti. "Sokaktaki insanlara 'Siz laik misiniz?' diyemezdik." ifadesini kullanan Toprak, bu nedenle bazı örgütlerin yol göstermesi ile örneklendirmeler yaptıklarını anlattı. Amaçlarının muhafazakâr kesimi suçlu gibi göstermek olmadığının altını çizen Boğaziçi Üniversitesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Binnaz Toprak, araştırmayı hazırlayan gazeteciler Nedim Şener, İrfan Bozan ve Tan Morgül'ün Açık Toplum Enstitüsü tarafından teklif edildiğini kaydetti. Projenin önderliğini yürütmesine rağmen araştırmada kendisine destek veren gazeteciler İrfan Bozan, Tan Morgül ve Nedim Şener'i kendisinin seçmediğini vurgulayan Toprak, "Bu ekibi Açık Toplum Enstitüsü Genel Müdürü Hakan Altınay önerdi. Ekibi tanımıyordum." dedi. Görüşme yapılacak kişi ve kurumları bu üç gazetecinin kendi kişisel temaslarıyla tespit ettiğini belirten Binnaz Toprak, Malatya dışındaki 11 şehire kendisinin de gittiğini ve dinlediği hikâyelerden çok etkilendiğini ifade etti ve şunları söyledi: "Öyle hikayeler duyuyorsunuz ki insanın asabı bozuluyor hakikaten. Bunlara empati duymamak mümkün değil." Yapılan araştırmaya en sert tepkiyi ANAR Genel Müdürü İbrahim Uslu göstermiş ve araştırmanın Türkiye İstatistik Kurumu'na verilmesi durumunda dikkate bile alınmayacağını söylemişti. Uslu, "Bu bahsettikleri kitle azınlık ve marjinal kitle değil. Neden bu yöntemi seçtiklerini açıklamaları gerekiyor. Burada, deneklerin yanlılığı problemi var." eleştirisi getirmişti. ZAMAN