Balyoz soruşturması kapsamında ifadeye çağrılan Harp Akademileri Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı, İstanbul Adliyesi'ne gelmedi. Habertürk Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Fatih Altaylı, Balanlı'nın istenilen zamanda ifade vermemesinin, yargı bağımsızlığına zarar verdiğini söyledi. Harp Akademileri Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı'nın adı Emekli Albay Hakan Büyük'te ele geçirilen Balyoz belgeleriyle gündeme gelmişti. İddiaya göre o belgeler Balanlı'nın Eskişehir'de Balyoz planı için operasyonlar yaptırdığını gösteriyordu. Zaten Gölcük Donanma Komutanlığı'nda ele geçen dokümanlar arasında iddiaya göre Orgeneral Balanlı'nın Bilvanis çiftliğini takip ettirdiğine dair beler de vardı. Gazeteler çiftlik üzerindeki uçuşun emir yazısını yayınladı. İddiaya göre operasyon sırasında çiftliğe hava harekatı düzenlemek için izin bile istenmişti. Bu vahim iddialar üzerine Balyoz soruşturmasına bakan Savcılık harekete geçti. Orgeneral Bilgin Balanlı ile birlikte 8 Amiral ve General İstanbul Adliyesi'ne ifadeye çağrıldı. Ancak Harp Akademileri Komutanı Orgeneral Bilgin Balanlı rapor alarak kendisi yerine savcılığa o raporu gönderdi. Bu durum Gazeteci Fatih Altaylı'nın da tepkisini çekti. Altaylı, Komutanların ifadeye çağrılmasından sonra Genelkurmay'ın Başbakanlığa gitmesini eleştirdi. Altaylı Genelkurmay'ın ifade sürecindeki girişimlerini eleştirirken yargı bağımsızlığına da vurgu yaptı. Altaylı, Balanlı hakkındaki iddiaların vahim olduğunu yazdı ve Genelkurmay'ın da şüpheliler hakkında, işlem yapması gerektiğini söyledi.