Bugüne kadar Gülseven Yaşer ile ilgili vahim suçlamalar gündeme geldi. PKK'lı öğrencilere burs verdiği ileri sürüldü. Yaşer'in başında bulunduğu Çağdaş Eğitim Vakfı ve ÇYDD hakkında hazırlanan son Ergenekon iddianamesinde çok dikkat çekici bir başka suçlamanın belgesi var. Belge, Milli İstihbarat Teşkilatınca hazırlanan bir rapor. O raporun, Gülseven Yaşer'in eşi, Yaşar Yaşer'i doğrudan ilgilendirdiği öne sürüldü. Rapor, Yaşar Yaşer'in bir dönem başında bulunduğu vakıfla ilgili. Milli İstihbarat Teşkilatına göre, o vakıf, Dünya Kiliseler Birliği ile bağlantılı. Bu bilgiyle örtüştüğü öne sürülen şok bir belge de yine iddianamede. Gülseven Yaşer'in gönderdiği ileri sürülen eletronik mektupta, firari sanık, "dünya kiliseler birliğinden yardım sözü aldığını" söylüyor. Oysa Gülseven Yaşer'in, başında bulunduğu vakıf, ulusalcı söylemleriyle dikkat çekiyordu. ÇEV'in içinde bulunduğu ulusalcı platform, Türkiye'nin dört bir yanında misyonerlerin cirit attığını, yüzlerce gencin din değiştirdiğini öne sürmüştü. Hatta, ÇEV, "Türkiye'de Misyonerlik Dünü Bugünü" başlıklı konferans bile düzenlemişti.