Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılar, iddia edilen örgüt üyelerinin TSK içine sızmasının ürkütücü boyutta olduğunu vurguluyor. MİT tarafından hazırlanarak Genelkurmay'a sunulan Karargah Evleri yapılanmasına ilişkin şemanın Ergenekon soruşturması kapsamında yapılan aramalarda İşçi Partisi'nde çıktığı belirtiliyor. Üçüncü iddianamede yapılanmanın başında olduğu iddia edilen Albay Cengiz Köylü'ye ilişkin bölümde bu durum şöyle açıklanıyor: "Ergenekon silahlı terör örgütünün sivil yapılanmasında yer alan Teori, Tasarım ve Planlama Daire Başkanlığı içerisinde görevli bulunan İşçi Partisi Genel Başkanı sanık Doğu Perinçek'in, bu gizli yapılanmanın metotlarını ve geliştirilmesini nasıl yaptığını ayrıntılı bir biçimde ortaya koymaktadır. Zira MİT Müsteşarlığı'nca yapılan çalışmalar sonucunda gizli olarak hazırlanan belgenin İP Genel Merkezi'nde Perinçek'in odasında bulunması, örgütün TSK'ye sızma girişimlerinin ulaştığı ürkütücü boyutu açıkça göstermektedir."