Kendisi de bir Ergenekon sanığı olan Başbuğ, Ergenekon soruşturmasının Deniz Kuvvetleri üzerinde yoğunlaştığı dönemde Trabzon'da TCG Oruçreis Fırkatey'nine çıkmış ve darbe planı iddialarını, TSK'ya psikolojik harekat şeklinde nitelemişti. O konuşmada Başbuğ cuntayı yalanlıyor, millete de yol tarif ediyordu. Aynı dakikalarda Gazeteci -Yazar Mehmet Altan bir TV programından ona cevap verdi. Başbuğ hakkında ilginç ve sert yorumlar yapmıştı. Altan, Başbuğ'un üniformasıyla siyasi yorumlar yapmasını sert bir dille eleştirmişti. Mehmet Altan, her fırsatta kameraların karşısına geçen İlker Başbuğ'un Türkiye'yi iyi okuyamadığını söylüyordu. O konuşmaların üzerinden yaklaşık 2 yıl geçti. Altan'ın çok konuşuyor dediği Başbuğ şimdi yargılanıyor. Ama Başbuğ bu defa konuşmuyor...