Her şey, Hakim Albay Ahmet Zeki Üçok hakkındaki sahte çürük raporu soruşturmasıyla başladı. Soruşturmayı yürüten sivil savcılık, Genelkurmay'dan Üçok'a ait bilgisayarın hard diskini istedi. Gönderilen hard diskte, bazı eksikler olduğu tespit edildi. İddiaya göre; bilgisayardaki 397 dosya, savcılığa gönderilmeden silinmişti... Şüpheler, Genelkurmay Adli Müşaviri Tümgeneral Hıfzı Çubuklu üzerinde yoğunlaştı. Çubuklu'nun, beraberindeki ilgili subaylarla, Üçok'un hard diskini temizlettiği iddia edildi. İddiaya göre; silinmeyen bazı dosyalar da savcılığa bilerek gönderilmedi. Tıpkı ses kayıtlarında konuşulduğu gibi... Özel yetkili savcılık, Çubuklu ve 3 subay hakkında "delilleri karartma" suçlamasıyla soruşturma açtı. Fakat asker oldukları için görevsizlik kararı verilip, dosya askeri savcılığa gönderildi; sonra da soruşturma izni vermesi için Milli Savunma Bakanı Vecdi Gönül'e iletildi. Özel yetkili savcılığın bu ağır ve ciddi suçlamasına rağmen, Bakan Gönül, soruşturmayı kapattı. Tümgeneral Hıfzı Çubuklu hakkında soruşturma açılmasına karşı çıktı. Çubuklu'nun delilleri karartma şüphesiyle soruşturulmasına izin vermeyip, savcılığın talebini geri çevirdi.