Soruşturma kapsamında tutuklanan ve gözaltına alınan şüphelilerin Ergenekon bağlantısı, bu soruyu gündeme getirdi. Her şey İstanbul Poyrazköy'de, yeraltından fışkıran mühimmatla başladı. Ardından, Emekli deniz Binbaşı Levent Bektaş gözaltına alındı. Bektaş'ın ofisinde ele geçirilen DVD'lerden birinde, "Fuhuş çetesi" adlı bir belge tespit edildi. O Belgede, Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nda istihbarat amacıyla kurulan "fuhuş çetesinin" varlığından söz ediliyordu. İsimler ve rütbeler de açık açık yazılıydı.Soruşturma derinleştikçe kirli ilişkiler de bir bir gün yüzüne çıkmaya başladı. İddiaya göre çete, fuhuşa aracılık ettiği üst düzey bürokrat ve askerlere, fuhuş görüntülerini kullanarak şantaj yapıyordu.Son operasyon işin rengini değiştirdi. Ergenekon soruşturmasında ortaya çıkan ve daha sonra Deniz kuvvetlerinde faaliyet yürüttüğü tespit edilen fuhuş çeteleriyle ilgili yürütülen soruşturma son operasyonlarla farklı bir boyut kazandı. Deniz Kuvvetlerinde faaliyet gösteren fuhuş çetesinin, "askeri casusluk" faaliyetinde bulunduğu tespit edildi. Gözaltına alınan zanlıların Ergenekon bağlantısı ise dikkat çekiciydi. Operasyonda Denizci subaylarının yanı sıra Tübitak'ta görevli kriptoloji uzmanları da gözaltına alındı. Ergenekon sanığı emekli yüzbaşı Hasan Ataman Yıldırım'dan çıktığı öne sürülen bir belgede de Tübitak'ın Ergenekon'un ilgi alanlarında olduğunu gösteriyordu. Yıldırım'daki bu not'ta yer alan M.M'nin Casusluk operasyonunda tutuklanan TÜBİTAK'da kriptoloji uzmanı Merdan M'nin olduğu öne sürülüyor. Savcılık sorgusunda M'ye, Ergenekon sanığından çıkan bu notun da sorulduğu iddia ediliyor. Aralarında Tuğamiral Şafak Yürekli'nin de bulunduğu 14 asker hakkında ise 8 kasıma kadar zorla getirilme kararı verildi. Tuğamiral Yürek, aynı zamanda Poyrazköy Davası sanığıydı. İddianamede, Ergenekon sanığı Hasan Ataman Yıldırım'ın, Şafak Yürekli'ye bilgi sızdırdığı öne sürülüyordu.