Sayıştay Yurtkuran'ı, üniversitede görev yaptığı son günlerinde personelin banka promosyonlarının bir kısmını Cumhuriyet mitinglerinde kullandığı gerekçesiyle suçlu buldu. Skandal olay, Sayıştay denetçilerinin rutin denetimlerinde gün yüzüne çıktı. Yurtkuran'ın rektörlük yaptığı dönemi mercek altına denetçiler, bir çok yolsuzlukla karşılaştı. Banka promosyonları, otopark, yemek ve servis ihalelerinde yolsuzluk yapıldığını belirleyen denetçiler bazı firmaların da kollandığını tespit etti. Denetçilerin Üniversite'deki çalışmalarında personelin maaşlarının yatırıldığı banka promosyonunda 6 milyon tl. olduğu ancak; bu paradan sadece 40 bin tl'nin kaldığı belirlendi. Personelin hakkı olan fakat dağıtılmayan bu paranın bir kısmı 2007 yılındaki Cumhuriyet mitinglerinde gelişi güzel bir şekilde harcandı. Yurtkuran yönetimi o dönemde mitingler için otobüsler kiraladı. İlgili firmalara da tam 681 bin tl ödeme yaptı. Üniversite'deki bu yolsuzluk soruşturmasındaki inceleme tamamlandı. Verilen karar ise ibretlik oldu. Sayıştay, eski rektör Mustafa Yurtkuran'ın usulsüz olarak kullandığı paraları cebinden ödemesine hükmetti. Bununla da yetinmeyen Sayıştay Yurtkuran hakkında suç duyurusunda bulundu. Yurtkuran, Sayıştay'ın üniversitesindeki bu denetimini zamanında rutin bir işlem olarak görmüştü. Ergenekon soruşturmasında Bursa Bademli'deki villasında gözaltına alınan Yurtkuran; daha önce de devleti milyonlarca tl zarara uğratmaktan dolayı suçlanmıştı. Ancak bunlara rağmen dönemin YÖK Başkanı Erdoğan Teziç, Yurtkuran hakkında soruşturma açılmasına izin vermemişti.