Ergenekon davasında ifade verecek gizli tanıklar gizli bir bölümde hakim nezaretinde tutulacak. Emniyet Genel Müdürlüğü Tanık Koruma Daire Başkanlığı, kimliklerin deşifre olmaması amacıyla özel bir sistem geliştirdi. Silivri Cezaevi'ndeki mahkeme salonuna kapalı devre yayın düzeni kuruldu. Ergenekon davasında gizli tanıkların güvenliği, yeni kurulan Tanık Koruma Daire Başkanlığı için ilk ciddi sınav olacak. Daire, kapalı devre yayının yanında başka özel sistemler de kullanacak. Özel cihazlarla tanıkların sesleri değiştirilecek, görüntüleri buzlanmış şekilde yayına verilecek. Sistem için test kayıtları yapıldı. Haberleşme Daire Başkanlığı'nın kameraları ile çekilen kayıtlar, Ergenekon soruşturmasını yürüten savcılara da gönderildi. Öte yandan Özel Harekat, Terör, İstihbarat, Kaçakçılık gibi birimlere ödenen tazminattan Tanık Koruma'daki personel de yararlanacak. İçişleri Bakanı Beşir Atalay, 3 Mart 2009'da tazminata ilişkin hazırlanan yönetmeliği imzalayarak yürürlüğe koydu. Yönetmeliğe göre, Tanık Koruma biriminde fiilen görev yapanlara devlet memuru aylığının yüzde otuz beşi tutarında tazminat ödenecek.