İstanbul 2. Ağır Ceza Mahkemesinin hazırladığı gerekçeli kararda, toplanan deliller ve tanık Fatih Bucak'ın beyanıyla, Sedat Edip Bucak'ın, ''Mehmet Ali Yaprak'ın kaçırılması ve Ömer Lütfi Topal'ın öldürülmesinin azmettiricisi olduğu, Ankara'daki özel odasını kalaşnikof silah deposu yaptığı'' şeklindeki Yargıtay 8. Ceza Dairesi'nin bozmaya dayanak yaptığı olayların aksinin ortaya çıktığı belirtildi. Kararda, sanık Sedat Edip Bucak'ın, kaldırılan İstanbul 6 No'lu DGM'nin kesinleşen kararına göre, ''örgüt üyesi oldukları anlaşılan Korkut Eken, İbrahim Şahin, Ziya Bandırmalıoğlu, Ayhan Akça, Sami Hoştan, Ali Fevzi Bir ve Haluk Kırcı ile örgüt içindeki hiyerarşik yapıya katılmadan ilişki içinde bulunduğu'' ifade edildi. Sedat Edip Bucak'ın Abdullah Çatlı ile arkadaş olduğu, Çatlı'nın zaman zaman sanığı Ankara'da ziyaret ettiği, Çatlı'nın TBMM'ye rahatlıkla girip çıktığının Meral Çatlı'nın beyanlarından ortaya çıktığı anlatılan kararda, Bucak'ın, aranan Çatlı'yı Ankara ve Siverek'te birçok kez örgüt üyesi olarak ağırladığı ve yardım ettiğinin de yine Meral Çatlı ve Kemal Yazıcıoğlu'nun ifadelerinden anlaşıldığı belirtildi. Kararda, Bucak'ın, Korkut Eken, İbrahim Şahin, Sami Hoştan ve Haluk Kırcı'yı da Siverek'te ağırlayarak yardım ettiği anlatıldı. Tanık olarak dinlenen emekli Korgenaral Hasan Kundakçı, emekli Albay Eşref Hatipoğlu ve emekli Albay Seral Saral'ın ifadelerine de değinilen kararda, bu kişilerin, Bucak'ın, PKK ile mücadelede kendilerine yardımcı olduğunu anlattıkları, ancak suç işlemek için kurulan örgüt içindeki konumu hakkında bilgilerinin bulunmadığını söyledikleri hatırlatıldı. Kazadan sonra 06 AC 600 plakalı araçta bulunan ruhsatsız silahların sanığa ait olduğunun belirlenemediği ifade edilen kararda, sanığın, ''suç işlemek için kurulmuş olan örgüte üye olarak katıldığı, hiyerarşik yapıya dahil olmadan örgüte bilerek ve isteyerek yardım ettiği'' bildirildi. Kararda, ''sanığın örgüt kurduğu ve yönetici olduğuna dair'' dosyada somut bir delil olmadığı kaydedildi. Yeni TCK'nın 220. maddesinin 2, 3 ve 7. fıkralarının sanığın lehine olduğu belirtilen kararda, bu maddeler uyarınca sanığın 1 yıl 15 gün hapis cezasına çarptırıldığı kaydedildi. Sanığa verilen hapis cezasının ertelendiği belirtilen kararda, Bucak'ın 2 yıl süreyle denetime tabi tutulmasına hükmedildiği anlatıldı. Gerekçeli kararın açıklanmasının ardından Cumhuriyet Savcısı Orhan Erbay, kararı temyiz etti. Savcı Erbay, mahkumiyete yeterli delil bulunmadığını, sanığa ceza verilecekse bile, hükmün lehe olan eski TCK'nın 314. maddesi uyarınca kurulması gerektiğini bildirdi. Bucak'ın avukatlarının da kararı temyiz ettikleri öğrenildi. Kaldırılan İstanbul DGM Cumhuriyet Başsavcılığı, Susurluk'ta 3 Kasım 1996'da meydana gelen trafik kazasının ardından, dönemin DYP Şanlıurfa Milletvekili Sedat Edip Bucak hakkında, TBMM'ce dokunulmazlığının kaldırılması üzerine ''gıyabi tutuklama kararıyla aranan Abdullah Çatlı'nın yerini bildiği halde yetkili mercilere haber vermeyerek saklamak'', ''cürüm işlemek amacıyla teşekkül oluşturmak'' ve ''vahim nitelikte silah bulundurmak'' suçlarından 11 ile 20 yıl arasında ağır hapis cezası istemiyle dava açmıştı. Bucak hakkındaki yargılama, 18 Nisan 1999'da yeniden Şanlıurfa Milletvekili seçilmesi üzerine 3 Mayıs 1999 tarihinde durdurularak, dokunulmazlığının kaldırılması istemiyle dosya yeniden TBMM'ye gönderilmişti. 3 Kasım seçimlerinde milletvekili seçilemeyen Bucak'ın dosyası, TCK'nın 313 ve 314. maddelerinin DGM kapsamından çıkarılması nedeniyle İstanbul 2. Ağır Ceza Mahkemesine gönderilmişti. Davayı 26 Haziran 2003 tarihinde karara bağlayan mahkeme heyeti, Bucak'ın, ''cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak'' suçlamasından beraatına, diğer suçlamalara ilişkin ise ''Şartla Salıverilmeye, Dava ve Cezaların Ertelenmesine Dair Kanun'' kapsamında davanın kesin hükme bağlanmadan ertelenmesine karar vermişti. Kararı inceleyen Yargıtay 8. Ceza Dairesinin bozma ilamında, ''Bucak'ın TCK'nın 313. maddesinin 2, 3 ve 4. fıkraları uyarınca mahkumiyeti gerekirken dosya içeriğine uygun olmayan gerekçeyle beraatına karar verilmesinin bozmayı gerektirdiği'' kaydedilmişti. Yeniden yapılan yargılamada 6 Kasım 2006 tarihinde esas hakkındaki görüşünü açıklayan Cumhuriyet Savcısı Orhan Erbay, Yargıtay'ın bozma gerekçesinde, eski başbakanlardan Mesut Yılmaz'ın, Susurluk Araştırma Komisyonundaki Fatih Bucak'a ilişkin beyanlarına yer verildiğini kaydederek, Fatih Bucak'ın mahkemedeki tanıklığı sırasında Sedat Edip Bucak hakkında böyle bir ifade vermediğini söylediğini hatırlatmıştı. Bu durumda, Yargıtay'ın bozma kararına dayanak yapılan beyanın aksinin ortaya çıktığını kaydeden Savcı Erbay, diğer tanıkların anlatımlarından da sanığın Abdullah Çatlı'yı tanımadığının anlaşıldığını ifade etmişti. Ömer Lütfi Topal'ın öldürülmesine ilişkin Beyoğlu 1. Ağır Ceza Mahkemesinde ve Mehmet Ali Yaprak'ın kaçırılmasıyla ilgili Adana DGM'de yapılan yargılamalarda sanığın adının tanık sıfatıyla dahi geçmediğini belirten Savcı Erbay, Yaprak'ın da ifadesinde Sedat Edip Bucak'tan bahsetmediğine dikkati çekmişti. Savcı Erbay, Sedat Edip Bucak'ın, CMK'nın 223. maddesinin 2. fıkrasının e bendine göre beraatına karar verilmesi gerektiğini bildirmişti.