Alemdaroğlu'dan Encümen-i Daniş Başkanına teşekkür ilanı Ergenkon Terör Örgütü davasının tutuksuz sanığı Prof. Dr. Kemal Alemdaroğlu'nun gözaltı sürecinde desteğinden dolayı teşekkür ettiği isimlerin başında Encümen-i Daniş Başkanı Necmettin Karaduman'ın da olduğu ortaya çıktı. Hatırlanacağı gibi Karaduman'ın "Derin devlet bütün dünya devletlerinde vardır. Bizi ve devletimizi korumaya yönelik. Bu dış tehlikelere karşı alınan tedbirlerin toplamıdır" diye konuşmuştu. Prof. Dr. Alemdaroğlu, ETÖ soruşturmasında tutuksuz yargılanmak üzere gözaltından serbest bırakıldıktan sonra Hürriyet gazetesinin 19 Nisan 2008 tarihli nüshasına bir teşekkür ilan verdi. Söz konusu ilanda Alemdaroğlu'nun teşekkür ettiği isimler arasında son günlerde sıkça tartışılan Encümen-i Daniş Başkanı Necmettin Karaduman'un olması dikkat çekti. Söz konusu ilanda şu ifadelere yer verildi: telefon, telgraf, faks ve çiçek göndererek iyi dileklerini bildiren 9. Cumhurbaşkanımız Sayın Süleyman Demirel'e, TBMM eski Başkanlarından Necmettin Karaduman, Sayın Hüsamettin Cindoruk, Sayın İsmet Sezgin ve Sayın Hikmet Çetin'e, Siyasi Parti Başkan ve Yetkilileri ile Milletvekillerine, YÖK eski Başkanı Sayın Prof. Dr. Kemal Gürüz'e, Üniversite Rektör ve Öğretim Üyelerine, Sayın Aydın Doğan'a, Sayın Oktay Ekşi, Sayın Pınar Türenç, Sayın Tufan Türenç, Sayın Şükran Soner, Sayın Tarhan Erdem, Sayın Kenan Akın, Sayın Tuncay Özkan, Sayın Mehmet Ali Birand ve Sayın Abbas Güçlü'ye, Alman Hastanaleri Grubu Yönetim Kurulu Başkanı Sayın Dr. Azmi Ofluoğlu, Tıbbi Direktör Sayın Dr. Erol Düren, Başhekim Sayın Dr. Vehbi Alpman, tedavimi gerçekleştiren Sayın Dr. Ertan Demirtaş, Sayın Dr. Hikmet Tezel ve Alan Hastanesinin tüm heekim ve mensuplarına, Sivil Toplum Kuruluşları Yöneticileri, akraba, dost ve yakınlarına en içten duygularımla teşekkür eder, sevgi ve sayılarımı sunarım. Dr. Kemal Alemdaroğlu."