Dönemin Başbakan'ı Bülent Ecevit 2002 yılında rahatsızlanmıştı. Ergenekon sanığı Mehmet Haberal'ın sahibi olduğu Başkent Üniversitesi Hastanesi'ne yatırıldı. Ancak yatışından 11 gün sonra 27 Mayıs'ta hastaneden çıktığında yürüyemez ve konuşamaz haldeydi. Mehmet Haberal yıllar sonra Ergenekon'dan tutuklandı. İddialardan biri de Ecevit'in o haliydi. İddiaya göre örgütün maksatları çerçevesinde Haberal ve ekibi Ecevit'e iş göremez' raporu vererek hükümeti düşürmek istemişti.Merhum Ecevit Başkent Üniversitesi Hastanesinden ayrıldıktan sonra iyileşti. Ve o dönemde başından geçenleri Samanyolu'nda yayınlanan Haber Kritik programına anlatmıştı. Ecevit o zamanlar kendisine kurulan kumpas ve entrikadan bahsediyordu. Ecevit hastalığının bazıları tarafından istismar edildiğini söylüyordu. Dönemin başbakanı, basının da entrika ve kumpaslara aracılık ettiğini anlattı. Başbakan Ecevit net olarak olmasa da üstü kapalı olarak entirikaya maruz kaldığını dillendiriyordu, Ve kendisi hakkında entrika çevirenlerin hemen olmasa bile bir gün ortaya çıkarılacağını söylüyordu.Adli Tıp, Ergenekon soruşturması kapsamında Bülent Ecevit'in Başkent Üniversitesi Hastanesi'ndeki tedavi sürecine yönelik şüpheleri haklı çıkartan bir rapor hazırlamıştı. 11 Şubat 2009 tarihinde mahkemeye ulaşan 26 sayfalık raporda, Ecevit'in kaburga kırığı tedavisinin tam, parkinson tedavisinin eksik yapıldığı söyleniyordu.