Alınak'a 'Kontrgerilla' konulu basın açıklamasından dolayı Genelkurmay Başkanlığı tarafından yapılan suç duyurusunun ardından İstanbul Beyoğlu 2. Asliye Ceza Mahkemesi 5 ay hapis cezası verdi. DTP Kars İl Başkanı Mahmut Alınak'a "Şemdinli kontrgerilla cumhuriyetinin tetikçileri tarafından bombalandı" sözleri nedeniyle Ardahan Asliye Ceza Mahkemesi tarafından TCK'nın 301. maddesi gereğince 10 ay hapis cezası verilmesinin ardından aynı maddeden bir ceza da İstanbul Beyoğlu 2. Asliye Ceza Mahkemesi'nden geldi. Alınak'a mahkemenin 2006/247 esas ve 2007/125 sayılı kararı ile 301. maddeye aykırılıktan 6 ay hapis cezası verildi. TCK'nın 62. maddesi uygulanarak cezası 5 aya indirilen Alınak, "Genelkurmay terör örgütü kontrgerillayı saklamakla suç işledi" başlıklı açıklamasından yargılandı. Alınak 18 Ocak 2006 tarihli açıklamasında, "Genelkurmay her ne kadar kontrgerillanın varlığını inkar ediyorsa da bu doğru değildir. Kontrgerilla vardır ve tüm siyasi cinayetler bu suç örgütü tarafından işleniyor. Faşist tetikçi Mehmet Ali Ağca'ya işlettirilen Abdi İpekçi cinayetinden Şemdinli cinayetine kadar işlenen binlerce cinayetin altında bu terör örgütünün imzası vardır." İkinci hapis cezasıyla karşılaşan Mahmut Alınak, mahkemenin düşünceyi cezalandıran bu kararı ile tarihe önemli bir not düştüğünü ifade etti.