İddianamenin bir numaralı sanıklarından Levent Bektaş'ta ele geçirilen belgelerde Veli Küçük ve Doğu Perinçek ile irtibat olduğu görülüyor. Belgede, "Avukat M.K.Ö. ve Z.K. İzmit'te Veli Paşa'nın referansı ile Deniz Kuvvetleri'ni topladılar proje tuttu B.nin eşine avukat M.O.yu ayarladı. M.G.nin çok iyi irtibatları var iyi istihbarat topluyor Veli başkan, Levent başkan ve Fabrikatör çok memnun kendisi Ermeni dostlarımızdan." deniliyor. Bir başka notta Ergenekon'da 'Fabrikatör' olarak nitelenen Doğu Perinçek için şu bilgi yazılı: "Fabrikatörle görüşüldü Aydınlık gelecek hareketi daha aktif hale gelmeli. Şafak Yürekli kontrolü elde tutmalı, bahriyede tanıtım ve dağıtım daha fazla olmalı." 'gündemlerim.doc' isimli dosyada ise "MSB'nin daha etkin kullanılması için M.S.O.'nun oraya gitmesini Ö. Paşa emretti Fabrikatör kabul etti Engin'le iyi bir ikili oluşturacaklarını söyledi." ifadeleri yer alıyor. Kafes ve onun devamı olarak organize edilen gruplar Doğu Perinçek'in talimatları doğrultusunda yönlendirilmiş. 'Doğu Perinçek Başkanımızın Emirleri' başlıklı dokümanda şu talimatlar yer alıyor: "Moraller ve motivasyon zirvede tutulsun bu konuda her türlü faaliyet organize edilsin. İçerdekilere ve ailelerine yardımlar aksatılmasın ihtiyaca göre aidatlar arttırılsın. Atlas güvenlik, E.A. ve diğer emekliler hainleri bulmada aktif kullanılsın. Levent Bektaş'ın ekiplerinin yerine yeni ekipler kurulsun. Yeni timlerin oluşturulmasını Mücahit Erakyol Albay organize etsin." Perinçek'in talimatlarından Poyrazköy'de yakalanan cephaneliklerin Ergenekon'un bir parçası olduğu anlaşılıyor: "Poyrazköy 'de kalan malzemeler korunaklı bölgelere dağıtılsın. Karargahın emri olmadan hiçbir operasyonel eylem yapılmayacak bu konuda son emir yetkisi Levent Bektaş'ındır. Genç subayların fikri altyapılarının ve ideolojilerinin sağlam temellere oturabilmesi için eğitim ve kamp çalışmaları yapılsın, bu bağlamda doküman ve materyallerin ulaştırılma kanalları kontrol edilsin. Genç teğmenler arasında taban çalışmaları için A.Y.'nin ekibi yeniden harekete geçirilecek."